頂寮濕地為新城溪口早年擺夷的殘跡,在明治三十七年(1904)所出版的臺灣堡圖中,新城溪的流路是經由今日溪口南側的無尾港入海,而大正十年(1921)所出版的兩萬五千分之一臺灣地形圖中,新城溪則是經由今日溪口北側的頂寮(又稱後邊港)出海。這兩次新城溪口的改道,均留下了南北向的長條狀濕地。
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