明石總督的墓園,在二十幾年後,隨著政權更迭,時代轉變,總督墓園淪為難民與墓地雜處的違建區, 墓園竟而堙滅不見,這恐怕是明石元二郎生前所始料未及的。民國86年(1997),台北市政府強力拆除14號公園預定地的違建, 才使明石元二郎的鳥居及墓地重建天日。世人才憶起,原來這片雜亂的違章建築區內,竟然隱藏著一座被人遺忘的台灣總督墳墓。在社會輿論的討論及關心下,後來由民間團體將明石元二郎的墓地遷至台北縣三芝鄉福音山基督教墓園, 而原有墓前鳥居,則與乃木希典總督母親墓前的鳥居,最終一起落腳於國立台灣博物館前的公園內,加以保存,用以見證這段殖民統治的歷史。
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